日本使团的来访，引起了扬州僧俗的注意。

出于对鉴真安全的考虑，扬州僧众对他看护很严，鉴真无法脱身，眼看十九日就要到了，东渡计划再次受到了考验。

正在这时，鉴真弟子仁婺从婺州（浙江金华）来到扬州，听说师傅东渡受阻，十分同情，便决定用自己来时乘坐的船接鉴真离开扬州，鉴真到黄泗浦（今张家港西北长江之滨）搭乘日本遣唐使船，开始了第六次东渡。

与藤原清河等会合后，又发生了麻烦。

广陵郡的地方官已听到鉴真准备渡海去日本的传闻，因此决定检查日本遣唐使船，机警的副使大伴古麻吕秘密将鉴真等安排在自己的船上，躲过众人的注意。

不久，在第五次东渡失败后离去的普照也闻讯从阿育王寺赶来。

这次遣唐使船同航的有4艘，第一号船是大使藤原清河，第二号船是副使大伴古麻吕，第三号船是副使吉备真备，第四号船是判官布势入主。

唐朝僧人除鉴真外，还有法进、义静、昙静、思托、法载、法成等14人及女尼智首等3人。

十一月十六日，4船出发，一路顺风。

二十一日，第一号、第二号两船到达阿儿奈波岛（日本冲绳），北行至多祢岛（种子岛）西南，遇第三号船。

十二月六日，海上又起南风，第一号船在航行中遇难。

鉴真所乘的第二号船终于在二十日到达萨摩国阿多郡秋妻屋浦（今鹿儿岛川边郡坊津町秋目）。

天宝十二载十二月二十六日（日本天平胜宝五年，即753年初），经40天的海上颠簸，鉴真一行在僧人延庆的引导下进入日本九州的太宰府（今日本福冈）。

鉴真一行前后历时12年，6次启行，5次失败，航海3次，几经绝境，先后有36人死于船祸和伤病，200余人退出东渡行列。

只有鉴真笃志不移，百折不挠，终于实现了毕生的宏愿。

鉴真来到日本的消息，引起了日本朝野的极大震动。

天宝十三载一月初十日，朝廷得到大伴古麻吕的报告，知道鉴真已经到达日本。

二月一日，鉴真至难波国师乡（今属大阪府）时，受到先期到达的崇道和日本佛教大师行基弟子法义的热情款待。

后住在藤原鱼名的官厅，日本政府特派使者前来迎接慰问，催促鉴真入京。

二月四日，鉴真一行抵达奈良，同另一位本土华严宗高僧&ldo;少僧都&rdo;良辨统领日本佛教事务，封号&ldo;传灯大法师&rdo;。

根据圣武上皇和孝谦天皇的意愿，鉴真作为律宗高僧，应该负起规范日本僧众的责任，杜绝当时日本社会中普遍存在的托庇佛门，以逃避劳役赋税的现象。

因此，孝谦天皇下旨：&ldo;自今以后，传授戒律，一任和尚。

&rdo;但是，这引起了日本本国&ldo;自誓受戒&rdo;派的反对，尤其是兴化寺的贤璟等人的激烈反对。

于是，鉴真决定与其在兴福寺公开辩论。

在辩论中，鉴真作出让步，承认&ldo;自誓受戒&rdo;仍可存在，但是作为正式认可的具足戒必须要有三师七证。

贤璟等人皆被折服，舍弃旧戒。

鉴真于是在东大寺中起坛，为圣武上皇、光明皇太后以及孝谦天皇之下皇族和僧侣约500人授戒。

公元756年，鉴真被封为&ldo;大僧都&rdo;，统领日本所有僧尼，在日本建立了正规的戒律制度。