高宗见已经完成用兵百济的任务，于是下诏命刘仁轨率军留守百济，召孙仁师、刘仁愿回朝。

百济经历战乱，尸横遍野，满目荒凉。

刘仁轨令人掩埋骸骨，整顿村邑，登记户籍；任命官员、疏通道路、架设桥梁、修复水库、筑堤补堰、劝课农桑、存养孤老、赈济贫乏、立唐社稷、颁唐历法，使百济百姓丰衣足食；然后屯田储粮，训练士卒，准备随后进击高句丽。

麟德元年（公元664年）十月，熊津都督刘仁轨上奏，反映留守百济的唐军士兵大多疲弱，衣衫不整，思乡盼归。

其因在自显庆五年（公元660年）以后，国家降低对士卒待遇。

此前士卒牺牲，朝廷要派专使吊祭，追赠官爵，或授死者的官爵与子弟。

并且只要是渡海征辽东的，一律赐勋一级。

可是显庆五年（公元660年）以来，多次出征，渡海作战的兵将，官不记勋，战死的也没有人理会，所以没有人愿意从军。

这样，州县每次征发百姓为兵，强壮而富有的，用财物贿赂官吏就可以免除，贫困的即使老弱也被征发。

而且这次东征百济，离家时只叫准备一年资装，如今已经两年，还没有归期。

刘仁轨最后恳切指出：&ldo;陛下留兵海外，镇守百济，是为了灭亡高句丽。

百济和高句丽以往关系密切，倭国人距离虽远，也是支持百济的潜在力量。

大唐要是没有大军镇守，百济很容易死灰复燃。

今日既然留兵镇守，又置屯田，要想站稳根基，全靠将士同心协力。

愿陛下改弦更张，厚加慰劳，明赏重罚以激励将士之心。

要不然，只怕兵士疲惫衰老，大事难成。

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高宗观刘仁轨上书后，非常赞同，立即派右威卫将军刘仁愿率军渡海换防留守百济的旧镇兵，并召刘仁轨一同回唐。

刘仁轨对刘仁愿说：&ldo;国家在外国驻扎兵马，是想图谋高句丽，这不是件容易的事。

如今还没有获得收成，原镇守的将士要是一起回归，恐刚刚降服的百济会生变故。

最好暂留旧兵，令其收获，准备资粮，分批遣还；而将领依然留下镇守，这样才最有把握。

&rdo;刘仁愿连忙道：&ldo;我上次返唐，遭到很多诽谤，竟然诬陷我留下很多兵将，阴谋割据百济，差点遭受大难。

今日我只能照章办事，怎么胆敢擅自更改。

&rdo;刘仁轨凛然道：&ldo;只要有利于国，就都应该去做，怎能顾及个人安危！

&rdo;遂上书陈述利害关系，自请留镇百济。

高宗答应了，同时任命原百济太子扶余隆为熊津都督，令他返回百济安抚民众。

阿弥陀如来像高句丽

麟德二年（公元665年）八月，高宗命扶余隆和新罗王金法敏在熊津城冰释前嫌，订立盟誓，并造金书铁契藏于新罗庙中。

在这之后，刘仁轨带新罗、百济、倭国使者渡海回唐，追随高宗祭泰山。