张邈、陈宫叛离曹操而迎吕布的消息让荀彧获悉后，荀彧连忙把驻屯濮阳的东郡郡长夏侯惇调回鄄城（山东省鄄城县），并于当夜诛杀城内和张邈、陈宫通谋的几十人，稳定了兖州的政治中心鄄城。

同时，又派程昱出使范县（河南范县）、东阿（山东省阳谷县），鼓励当地官民护城坚守，等待曹操回来。

程昱又派出机动部队，断绝仓亭津（位于范县的黄河渡口），使陈宫的军队不能渡河。

吕布攻击鄄城不成，于是向西撤退，驻屯濮阳。

曹操把军队从徐州开回来，一过泰山，听到吕布退屯濮阳，就非常高兴。

曹操的手下将领官兵却有些担心，因为此时兖州境内只剩鄄城、范县、东阿三处仍为曹操据守，其余郡县全部响应吕布。

曹操经过冷静分析，对手下说：&ldo;吕布突然之间，得到一州，不据守东平，切断亢父、泰山要道，背靠险要，向我施加压力，却回到濮阳，说明他不可能有大的作为。

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于是，他立即准备反攻濮阳。

八月，曹操围攻濮阳，濮阳大姓田氏在城内响应，曹操亲率战士进入城东门。

结果，巷战不利，曹操大败而逃。

曹操回到营里以后，恐怕因他受伤，使军心沮丧，忍着疼痛，亲自率军，鼓励士气，并下令军士从速准备好进攻用的&ldo;攻具&rdo;。

曹操跟吕布僵持了100多天，蝗灾大起，军民饥饿不堪，吕布的粮草用尽，双方遂各自撤退。

九月，曹操回鄄城，吕军也退屯山阳（山东省金乡县）。

十月，曹操前往东阳。

冀州牧袁绍派人劝说曹操，建议他把眷属送到邺城（河北省临漳县）。

曹操正处于事业低谷，粮食也将不济，有意答应。

就在此时，曹操的谋士起了关键性的作用。

程昱对曹操说：&ldo;我一向认为，将军面对重大变化时，无畏不惧，想不到竟不是如此，为什么考虑这么不周密？袁绍虽然有吞并四方的野心，可惜没有征伐四方的智慧。

将军也不会久居人下的，以将军的威力，如同龙虎，岂可步韩信、彭越的后尘？而今，兖州虽然残破，但我们仍有三个城作为基地，武装劲旅，不下10000人，以将军的武功和谋略，加上荀彧，加上我，大家合力，可以成就霸业，请您再三思量。

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曹操同意他的分析，就拒绝了袁绍的建议。

此后，曹操经过一年多的时间，才把兖州的郡县陆续收复。

兴平二年（公元195年）夏天，曹操在巨野（山东省巨野县南）和吕布会战，终于击垮了吕布。

吕布逃往徐州，张邈也随着吕布向徐州撤退。

此时，徐州牧陶谦已死，刘备继任。

张邈听说曹操要杀他家小，就想跑到扬州袁术那儿去请救兵，半路上被部下所杀。

这样一来，兖州的地方势力基本上就被曹操肃清了，到这时，曹操总算把兖州的统治权掌握在自己手中。