至此，南疆门户洞开，平定全疆指日可待。

兵败如山倒。

阿古柏见大势已去，5月下旬在库尔勒气急暴病而死。

有人说阿古柏是因浩汗被沙俄占领（1876年）而绝望自杀的（那好歹能算是浩罕爱国人士），但也有人说是被人毒死的。

不管怎么说，反正这个在新疆兴风作浪十几年的阿古柏总归是魂归西天了。

阿古柏的次子海古拉扛着老爸的灵柩继续西逃，跑到了叛贼白彦虎防守的喀喇沙尔（今焉耆）、库尔勒等地。

阿古柏长子伯克&iddot;胡里害怕弟弟前来争夺王位，假装前去库车迎接老爸的灵柩，却偷偷派人将海古拉给宰了，自己在喀什噶尔称王，先过几天干瘾再说。

1877年秋，在短暂的休整后，左宗棠以刘锦棠部为主力，张曜部为&ldo;且战且防&rdo;之军，相继长驱西进。

这时，饱受阿古柏荼毒之苦的南疆各族人民，纷纷起来配合清军作战。

10月，刘锦棠率领湘军子弟驰骋两千余里，势如破竹，很快收复喀喇沙尔、库车、阿克苏、乌什等南疆东四城。

最后的残敌，困守在剩余的南疆西四城：叶尔羌（今莎车）、英吉沙尔（今英吉沙）、和阗（今和田）和喀什噶尔。

大军当前，其内部分崩离析，已降敌的前喀什噶尔守备何步云乘机反正，固守喀什噶尔汉城等待清军救援。

刘锦棠得到消息后，立即挥军分路前进，于12月中下旬连克喀什噶尔、叶尔羌、英吉沙尔三城。

遭到毁灭性打击后，伯克&iddot;胡里和白彦虎等人逃入俄境，了此残生。

1878年1月2日，清军总兵董福祥攻克和阗，阿古柏的残余势力被彻底荡平。

董福祥本也是一介枭雄，后来投靠了左宗棠为清廷效力，后来在庚子年中还惹下了大麻烦，后叙。

至此，整个新疆除沙俄侵占的伊犁地区外，全部收复。

当清军收复天山南北之后，喀什噶尔回城西北树起了一个&ldo;明瑶洛纪功石碑&rdo;，以纪念新疆各族军民平定阿古柏入侵的重大胜利。

心怀鬼胎的英俄两国没想到阿古柏失败得如此之快。

说实话，英国人是真打算帮阿古柏割裂新疆并使之成为其印度势力外围的，但由于地理条件的限制，加上担心过分触犯俄国，英国也只能给予阿古柏有限的外交与军火支持。

刘锦棠在攻克阿古柏军的后方巢穴时，就俘获了一些英国、土耳其教官和工匠，并缴获了大量英国军火。

而俄国人担心英国人的势力通过阿古柏进入新疆后威胁到自己在中亚的利益，最开始还想假手清军，直接打击阿古柏以间接打击英国，并从中消耗清廷的力量，弄个三败俱伤的结果，俄国人渔翁得利，便可永远占领伊犁地区。

据说，左宗棠动员军队西征的最初，俄国军官还特意至兰州，对左佯示友好，说只要中国收回北路，即交还伊犁，并愿为清军代为置办粮食。