夺回大权后，妥欢帖木儿以脱脱为中书右丞相，力图革新朝政，复行科举，亲试进士，诏修辽、金、宋三史，颁《至正修格》，印行至正交钞，治理黄河。

然而，蒙古人建立的大元王朝始终以高压及歧视政策统治汉人，轻视儒生，从朝廷到地方，各级官吏多属无知粗暴贪残之辈，因而元朝统治下的中原局势，始终动荡难安，并且逐步恶化，无可奈何，终至民变蜂起。

至正十一年（1351年），红巾军起事，一呼百应，势力迅即壮大。

而此时的妥欢帖木儿内部掣肘于皇太子爱猷识理达腊和皇后奇氏，外部各地方将领又拥兵自重，已无回天之力。

皇后奇氏即是来自高丽的美女完者忽都。

答纳失里死后，奇氏专宠后宫，生下儿子爱猷识理达腊，更加赢得了妥欢帖木儿的欢心。

她先是被立为第二皇后，第二任皇后伯颜忽都死后，奇氏便被扶为正宫皇后。

她心机很深，特意在自己的母国高丽选取大量美女，送给朝中重臣，以此来结纳人心，培植了一大批自己的势力。

当时妥欢帖木儿怠于政事，荒于游宴，加上听信谗言，贬黜了有&ldo;贤相&rdo;之称的右丞相脱脱，将国家大权尽归哈麻、雪雪兄弟。

脱脱被流放云南，之后被哈麻毒死。

而哈麻、雪雪只知玩弄权术，一度耍阴谋废除皇帝，结果事败被杀。

其后，元廷内部权力之争日趋白热化，皇后奇氏不满意皇帝丈夫所作所为，希望妥欢帖木儿退位，由自己的儿子爱猷识理达腊继位。

朝臣也分化为两派：一派以御史大夫老的沙、知枢密院事图坚帖木儿为首，拥护皇帝；一派以皇后奇氏、丞相搠思监、朴布华为首，支持皇太子。

两派几乎势均力敌，矛盾急剧尖锐。

明争暗斗的内讧造成朝纲混乱，元帝诏令失去作用，各地守军独霸一方，农民起义此起彼伏，局面终至土崩瓦解。

妥欢帖木儿放弃大都、北逃回蒙古高原老家后，残存在中原各地的元军立时陷入群龙无首的境地，整个中原战场发生了根本性的变化。

不久，朱元璋在应天[15]即位，是为明太祖，国号&ldo;大明&rdo;。

在一代天骄成吉思汗称霸天下的时代，蒙古武功震惊世界，改变了整个亚洲甚至欧洲大部分地区的格局。

蒙古曾疯狂地扩张，因而拥有极为庞大的帝国。

而在辽阔无垠的蒙古版图下，中原不过是其中极小的一块，用&ldo;九牛一毛&rdo;来形容也不为过。

妥欢帖木儿虽被赶出了中原，却仍然是蒙古帝国名义上的大汗，对蒙古各汗国、部落享有宗主权，因而大元王朝虽然灭亡，但蒙古帝国的势力和根基仍存，&ldo;引弓之士，不下百万众&rdo;，历史上将这一政权称为&ldo;北元&rdo;[16]。

终明一朝，北元始终对明朝的北部边疆构成强有力的挑战与威胁，此即史书中所言：&ldo;终明之世，边防甚重。

&rdo;这&ldo;边防&rdo;，即指明廷为了防御蒙古北元势力入侵所设置的&ldo;九边&rdo;防线。

妥欢帖木儿向北走到应昌[17]，心情十分不好。

他是元朝皇帝中接触中原文化最深的一个，难免不产生&ldo;去国怀乡&rdo;的悲凉。

虽然一心想回到中原，但此时明军兵锋锋锐，他始终不能如愿以偿。

洪武三年（1370年）四月，回到北方糙原两年后，妥欢帖木儿因患痢疾，病死在应昌，庙号&ldo;惠宗&rdo;，终究未能实现他再回到中原的夙愿。

明太祖朱元璋认为妥欢帖木儿在国破家亡之前夕，能够&ldo;识时务&rdo;，放弃背城一战而逃窜漠北，是为&ldo;顺天命&rdo;，所以特意加号&ldo;顺帝&rdo;，历史上习惯称其为元顺帝。

元顺帝死后一个月，明军大批兵马赶到，全力围攻应昌城，一日而下。

元顺帝后妃、皇孙、诸王、官吏全部被明军俘虏，只有太子爱猷识理达腊率十余骑逃脱。

但蒙古实力犹存，蒙古贵族追忆中原的繁华与富庶，&ldo;犹有觊觎之志&rdo;，有心再度入主中原，不断组织力量反攻。

而明太祖朱元璋为了巩固江山统治，亦三番两次派大军深入漠北，想彻底消除来自蒙古的隐患。

由于补给困难、生活习惯等诸方面因素制约，明军虽然取得了决定性的胜利，却未能永久占据糙原地区，从而形成了明朝与北元南北对峙的局面。

明成祖朱棣即位后，为了应付北元对明朝的威胁，对蒙古采取了征讨和招抚并用的策略。