在进攻路线的选择上，施琅根据风向和敌方防御情况的情报，决定清军船队从铜山（今福建东山岛）起航，乘六月的西南季风向东穿越台湾海峡，首先夺取地处澎湖主岛以南、郑军防守薄弱的八罩岛。

这样就可获得船队的锚泊地和进攻的出发地，占据风向上流的有利位置，向澎湖发起攻击。

攻下澎湖后，扼敌咽喉，然后兵锋直指台湾，可顺利实施&ldo;因剿于抚&rdo;的战略方针。

实战证明，施琅对渡海时机和进攻路线的选择都是正确的。

当施琅率领着三百多艘舰船，雄赳赳地开入澎湖时，在台湾的郑氏家族怎么也没有料到施琅竟然不会害怕台风，只能仓促应战，很快就败下阵来。

在清军和郑军最后进行决战时，施琅将舰队每50艘左右编排成一组，分若干组向郑军进攻。

战斗从早上7点开始，一直打到下午4点，炮火纷飞犹如雨点，樯橹灰飞蔽日，杀声震天……康熙在紫禁城中焦急地等待着台湾的消息，终于等到了前方的加急文书：清军大胜。

在此次战役中，清军击沉敌舰两百多艘，击毙敌军军官三百余人、士兵一万两千余人，郑军主力尽失，无法再和清军对抗，残余部队自行散去。

郑氏家族终于俯首称臣。

康熙二十二年（1683年）农历八月十四，施琅踏上了台湾的土地，接受郑氏家族的投降，几天之后，施琅又当着台湾百姓的面，宣读了康熙的诏书。

康熙保证，只要那些对抗清廷的人能真心悔过，大清既往不咎，一定会好好安排他们归降后的生活。

施琅深谙康熙的&ldo;仁政&rdo;思想，登岸后即率人到郑成功的庙前进行祭祀，一如康熙到金陵拜遏明孝陵。

事实上，施琅的父弟子侄都为郑氏所杀，郑氏归降之初，曾对施琅满怀戒心，认为施琅定会杀害郑氏一门，鞭尸泄愤。

施琅用实际行动一次次地告诉郑氏家族，自己不会为了个人恩怨，不顾大局。

在告祭完郑成功庙后，施琅命人护送郑氏家族上船，一路予以优待，同时又禁止官兵骚扰民众，宣布免除他们三年徭役，减去十分之四的租谷。

在施琅的努力下，台湾的生产很快恢复，施琅不单收复了台湾，还代表康熙赢得了台湾的民心。

如果说平定&ldo;三藩&rdo;之战，显示了康熙的坚决、果敢与智慧，那么在这场收复台湾的战争中，则充分显示了康熙知人善用、用人不疑的宽大胸襟和用人策略，所以柏杨先生才感慨其为：这个中国历史上最英明的君主之一，年轻气壮，有刘邦豁达大度的胸襟和李世民知人善任的智慧。

台湾收复了，事情却还没有结束，紫禁城内在如何治理台湾上发生了争执。

有的大臣认为，台湾面积狭小，没有让清朝的版图扩大多少，不如将台湾居民迁往内陆，仅将澎湖一地作为东南屏障，派人留守。

有的认为台湾根本不需要布重兵防守，其四周都是大海，大海就是最好的屏障。

有的担心台湾发展好了，当地人难免萌生夜郎自大之心，割据一方，与其这样，还不如放弃台湾。

大学士李光地甚至荒唐地认为，干脆就把台湾给荷兰人算了，让荷兰人定时上贡，既能播撒国威，又能获得好处。

幸亏康熙皇帝斥责了放弃台湾的言论，不然，台湾早在《马关条约》签订的110年前就已经拱手让人了。