隆安五年（401年），孙恩循海道进攻京口，逼近建康，桓玄声称勤王起兵，实际是想浑水摸鱼，于是司马元显在孙恩北走远离京师后下诏命桓玄解严。

不过，桓玄当时完全控制了其辖区，不但作出调桓伟为江州、镇守夏口，又以司马刁畅督八郡、镇守襄阳，桓振、皇甫敷、冯该等驻湓口等军事调动，更建立了武宁郡和绥安郡分别安置迁徙的蛮族以及招集的流民。

朝廷曾下诏征广州刺史刁逵和豫章太守郭昶之，亦被桓玄所留。

元兴元年（402年），司马元显下令讨伐桓玄，桓玄在京的堂兄桓石生密报给他。

当时桓玄已封锁长江漕运，令东土饥乏，又因孙恩之乱未平，故以为司马元显无力讨伐，便一直在荆州等待时机，蓄势待发。

然而收到桓石生的通报后，桓玄甚惧，打算坚守江陵。

不过卞范之却劝桓玄出兵东下，以桓玄的威名和军力，令其土崩瓦解；反不应主动示弱于人。

桓玄于是留桓伟守江陵，亲自率兵东下。

桓玄初仍忧他抗拒朝命，害怕手下士兵都不会为他所用，然而过了寻阳仍未见朝廷军队，于是十分高兴，士气亦上升，移檄上奏司马元显之罪。

桓玄到姑孰时，派冯该等击败并俘获豫州刺史司马尚之，并夺取了历阳（今安徽和县）。

当时司马元显因畏惧，登船而未敢出兵，而刘牢之因担忧击败桓玄后会不容于司马元显，竟与其手下北府军向桓玄投降。

桓玄逼近建康，司马元显试图守城但溃败。

桓玄入京后，称诏解严，并以自己总掌国事，受命侍中、都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧，领徐州刺史，加假黄钺、羽葆鼓吹、班剑二十人。

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34废帝自立（下）

更新时间2016-5-217:36:56字数：2190

桓玄又历数会稽王司马道子及其子司马元显的罪恶，流放司马道子到安成郡，数月后桓玄更派人杀死司马道子；又杀司马元显、庾楷、司马尚之和司马道子的太傅府中属吏。

桓玄又图除去刘牢之，先命他为会稽太守，令其远离京口。

刘牢之意图反叛但得不到北府军将领支持，于是北逃广陵投靠广陵相高雅之，于途中自杀。

司马休之、高雅之和刘牢之子刘敬宣于是北逃南燕。

桓玄在三月攻入建康时就废除了元兴年号，恢复隆安年号，不久又改元大亨。

及后，桓玄自让丞相及荆江徐三州刺史，以桓伟出任荆州刺史、桓修为徐、兖二州刺史、桓石生为江州刺史、卞范之为丹阳尹、桓谦为尚书左仆射，分派桓氏宗族和亲信出任内外职位。

自置为太尉、平西将军、都督中外诸军事、扬州牧、领豫州刺史。