桓玄惊恐之下打算固守江陵，缓图良机。

旁观者清，长史卞范之说：&ldo;桓公声威远近闻名，天下震动；司马元显乳臭未干，刘牢之不得人心（前面说过，刘牢之的北府兵打仗很厉害，但军纪太差，在朝野都没啥好名声：在朝是怕他功高压主，在野是恨他贪得无厌），如若我们的军队能够逼近京城，恩威并施，管叫他们土崩瓦解。

岂有引敌入境，自寻死路之理？&rdo;

桓玄这家伙，见解和志向比司马道子父子要强得多，但终究还是一路货色，对相似的谏言反应也是相似。

他听闻此话，信心顿增，让哥哥桓伟留守江陵，自己则上表传檄，以彼之道还治彼身，列举司马元显的各项罪行，然后率兵顺江东下，直奔建康而来，沿途如入无人之境，为数不多的几次抵抗被轻松打退，豫州刺史、谯王司马尚之也被擒。

刘牢之在此时起了&ldo;关键作用&rdo;：他挂着司马元显的&ldo;前锋都督&rdo;的名头，大战来临之际却采取观望的姿态，驻兵在溧洲（今江苏南京西南长江中）。

他的儿子刘敬宣、外甥何无忌，以及刘裕都认为荆州兵强过司马元显的江东兵，应率北府兵主动进击，以除后患。

刘牢之则认定平定桓玄不难，但狡兔死，良狗烹，若消灭桓玄，将来必被司马元显所制，不如先利用桓玄的势力除掉司马道子父子，再做打算。

桓玄也看透了刘牢之的心思，不失时机地派了刘牢之的族舅何穆来劝降。

刘牢之便顺势上了&ldo;贼船&rdo;，让刘敬宣去桓玄营中投降。

司马元显没了真正可用之兵，哪还有什么抵抗的意志，他听说桓玄已经到了京城南面的新亭，就弃了战船退回建康。

桓玄的军队尾随而至，在后面挥刀大喊：&ldo;放下武器！

&rdo;司马元显的兵众立即崩溃，司马元显逃回府中，身边只剩下&ldo;狗头军师&rdo;张法顺一人而已。

见到老爹司马道子，二人只能相对而泣，一筹莫展。

这对有野心却无能力的父子束手就擒，桓玄下令斩杀司马元显一党，继而又吩咐手下人把司马道子秘密毒死在流放的路上。

桓玄初步掌控了建康的大局，紧接着就采取了三项措施巩固其权力：

首先是任命刘牢之为会稽内史，这个职务表面看是一郡权力上的no1，实际上却剥夺了刘牢之对北府兵的控制权。

刘牢之一介武夫出身，视兵权为命根子，心里有意据江北对抗桓玄。

他私底下找到刘裕，商量对策。

刘裕何等聪明，当即指出桓玄&ldo;新得志，威震天下。

三军人情，都已去矣&rdo;，现在要和他对着干，怕是没戏。