拿破仑现有四个野战军团：在意大利有一个军团计七万人；在多瑙河，莫罗有十万人；在瑞士新组建的由麦克唐纳指挥的一个预备军团有一万四千人；此外，在莱茵河下游的美因茨还有一个高卢-巴达维亚军团，由奥热罗指挥，有一万四千人。

8月，马塞纳被免除了意大利军团司令的职务，因为他受到贪污军饷的指控，代替他的是颇不称职的布律纳。

11月底，战端重启，莫罗于12月3日在霍恩林登主动进攻，大败愚笨无能的约翰大公。

结果三周之后，法奥签订了施太尔停战协定，多瑙河战场的敌对行动遂告一段落。

在意大利战场，布律纳象以往一样缺乏干劲，进展不大，但拿破仑命令麦克唐纳在隆冬穿过施普鲁根山口，他却马到成功，从特兰提诺河推进到波尔萨诺，结果导致特雷维索停战协定的签订，以及最后于1801年2月9日，法奥两国在吕内维尔签订了正式和约。

吕内维尔和约的签订结束了第二次反法同盟。

对于领土问题，其处理方法与1797年签订的坎波-福米奥条约大致相同：即法国保留比利时和莱茵河左岸；在意大利，奥国则获得阿迪杰河以西的威尼斯领土作为补偿。

伦巴第变成了意大利共和国，巴马、摩德纳和托斯卡纳等公园均并入其版图。

巴达维亚、黑尔维谢、意大利和利古里亚共和国在名义上都承认为独立国家，但实际上均受法国支配。

奥国既已退出战争，拿破仑现在仅剩下英国需要对付，但在这方面他却受困于英国的海上霸权。

1801年3月，阿贝克隆比在亚历山大港的胜利终于使法国人在秋天撤出了埃及，从而最后打破了拿破仑向东方扩张的美梦。

3月23日沙皇保罗遇刺和4月2日纳尔逊在哥本哈根摧毁丹麦舰队使拿破仑拼凑北欧同盟以损害英国商业利益的企图受到了挫折。

因此，他转而巩固自己在国内的地位并重整法国的财经资源。

拿破仑执政以来的地位一直都不稳固。

他在雾月政变后夺权的专横手段使许多法国人都甚为反感。

两股营垒分明的势力都反对他：其一是保皇党人，他们盼望恢复前国王的兄弟，即现已被放逐的普罗旺斯伯爵为代表的正统的波旁王朝。

当时，保皇派在法国南部和西北部的活动尤为猖獗。

在西北部，舒安分子甚至公开叛乱，因而遭到了无情的镇压。

1800年9月，拿破仑曾致函普罗旺斯伯爵：&ldo;你不必考虑返回法国。

否则，你将不得不从十万死尸上踏过去。

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为了安抚国内比较保守的份子，拿破仑决定与罗马天主教会握手言和。

在此以前，教会一直为革命所取缔。

拿破仑本人是无意于宗教的，他其实是一个不可知论者。

但他却有非凡的心理洞察力，他意识到教会可以左右民众的感情。