孙恩事件冲击了东晋的根基，但这个日薄西山的朝廷并没有彻底倒下，还要等桓玄再来一次篡位，才会让它变得更加残破。

桓玄是东晋名臣桓温的儿子，桓温晚年的时候野心勃勃，颇有代晋自立的野心，虽然至死也未能实现心愿，但桓玄后来却因此受到朝廷的猜疑，一直郁郁不得志。

许多宗亲朝臣经常有意无意地对他提起桓温当年的野心，其中琅琊王司马道子的讽刺尤其让桓玄感到惶恐。

后来司马道子成了控制朝政的权臣，桓玄也在荆州培植起了自己的势力，由于对朝廷多年来的排挤和闲置感到不满，也为了满足父亲当年未竟的愿望，桓玄制造了一场叛乱，攻入京城建康，诛杀司马元显和司马道子，自己掌握了朝政大权。

笑祖俭德宋史纪：宋主骏大修宫室，土木披锦绣。

坏高祖所居阴室，起玉烛殿，与群臣观之：床头有土障，壁上挂葛灯笼，麻蝇拂。

袁以盛称高祖俭德。

宋主曰：田舍翁得此，已为过矣。

桓玄之所以能够顺利进军，刘牢之的投降起到了很大作用。

虽然他是北府兵的将领，但毕竟不是世家大族出身，因此许多年来经历了不少冷落与嘲讽。

他手握重兵，却又无所适从，不知道怎样才能建立起自己的势力，一心只想着依附一个能够重视他的强大后台，才能巩固自己的地位。

在这种想法的左右下，他先是被司马元显收买，倒戈攻打与自己共事的王恭，后来又背叛司马元显，转而投降桓玄。

但桓玄进了建康以后，刘牢之却发现他想要夺自己的兵权，又打算起兵反对。

可是为时已晚，这种朝秦暮楚的行为已经彻底毁了刘牢之的前程，他得不到将士们的支持，没多久就在败逃的路上自杀身亡。

桓玄的目标并不仅限于掌握朝政，他更大的愿望是代晋自立。

为了这个目标，他需要更多的人才为自己所用，于是战功赫赫的刘裕就进入了他的视线。

刘裕比刘牢之清醒得多，他早就提醒过刘牢之不要频繁改换门庭，但后者却没有听从，直到即将身败名裂时，才后悔当初没有听从劝告。

而对于刘裕来说，刘牢之的教训也给了他警示，让他必须更小心地对待每一个人生选择。

桓玄的从兄桓谦曾经私下里向刘裕打听他对桓玄代晋的态度，这时的刘裕已经看出桓玄没有前途，正打算找一个时机起兵。

但为了避免打草惊蛇，他还是故意把桓玄大大夸赞了一番，说他代晋自立是天意所归，民意所向，让桓谦听了非常满意。

到了十二月间，已经登上帝位的桓玄见到刘裕，对他大加优宠，常召他一同出游集会，但这些只是增加了刘裕对他的反感。

虽然桓玄身边有人觉得刘裕恐怕不会久居人下，劝桓玄尽早除掉他，但桓玄对自己的军事才能很没有信心，还想要让刘裕帮他平定了关陇地区以后再作打算，只能继续拉拢刘裕。