朝廷以皇帝为首，下设三公九卿。

三公是左右丞相、太尉和御史大夫。

丞相是中央行政机构的最高长官，协助皇帝处理全国政务，国家大事一般由丞相总领百官进行集议和上奏。

太尉是中央行政机构的军事长官，协助皇帝掌管军事，但平时没有兵权，只有接到皇帝命令和符节时才能调动或指挥军队。

御史大夫是副丞相，相当于皇帝的秘书长，皇帝诏命常由御史大夫转交丞相颁布，御史大夫协助丞相治事，并有监察文武百官的职权。

三公之下设有九卿，即奉常、郎中令、卫尉、太仆、廷尉、典客、宗正、治粟内史和少府，负责掌管各方面的具体政务。

奉常是礼教官，掌管宗庙礼仪。

郎中令是传达、警卫官，掌管皇帝的传达和安全警卫。

卫尉是皇宫卫队长，掌管皇宫守卫。

太仆是皇帝的仆从长官，掌管皇帝的车马。

廷尉是最高司法官，掌管刑法和审理重大案件。

典客是外交官，掌管外交和国内少数民族事务。

宗正是维护皇室利益的官职，掌管皇室宗族事务。

治粟内史是最高财政官，掌管全国租税收入和财政开支。

少府是皇帝的私人财务官，掌管山海湖泊税账、宫廷手工业和皇室私财。

地方以郡、县为基本行政单位，下分乡、亭、里、什伍。

郡设郡守，作为一郡最高行政长官，直接受朝廷管辖。

郡守之下有郡尉辅佐郡守，并兼管郡中军务；又有监御史，负责监察。

郡内分为若干县，万户以上设县令，不满万户设县长，主管全县政务，受郡守管辖。

县令、县长下有县尉管县中军务，有县丞助理令长并兼管司法。

县内分为若干乡，乡有啬夫主管乡务，三老主管教化，游徼主管治安。

交通要道往往设亭，负责邮传和追捕盗贼。

里是民间居住区，有里正。

居民的基层组织是什和伍。

十家为什，有什长；五家为伍，有伍长。

什伍互相监督，有罪连坐。

秦始皇设置的这套行政制度，起到了层层控制，权力向上集中的作用，从朝廷到地方，从郡县到乡里，构成了一张庞大的统治网，使分散的地方权逐层向上集中，最后集中到朝廷，再通过朝廷集中于皇帝手中。

这套行政制度，对国家统一、中央集权和君主专制都起到了重大作用。

当然，这一套制度的维持，还有相应的物质基础和措施。

首先是迁徙豪富，把天下豪富12万户迁到咸阳，使六国贵族失去反抗的社会基础和物质基础，便于帝国的监视和控制；其次是没收兵器，把民间兵器全部没收，集中到咸阳销毁，铸成了钟座和十二金人，从而剥夺了反抗的武器；第三是毁坏城防，秦始皇下令一律拆毁六国首都城郭和边城、关塞。