由于吴佩孪剿匪有利、有功，曹锟对吴也从起初的不重视到后来的另眼相待了。

1911年10月10日辛亥革命爆发，武昌首义成功后各省相继起义，到11月底有14个省宣告独立。

1912年元旦，中华民国成立，中国最后一个封建专制王朝覆灭了。

山西独立后，新军第二标标统阎锡山做了晋军都督。

当时清政府派第六镇统制吴禄贞前去镇压。

吴禄贞本是革命党人，遂暗中与阎锡山取得联系，准备合兵进攻北京。

耳目灵通的袁世凯得知情况后，立即派人在正太车站杀害了吴禄贞，然后派曹锟的第三镇前往山西镇压。

第三镇第一协担负镇压山西革命军的任务。

第一协协统是卢永祥，吴佩孚为炮三标的管带。

吴佩孚上了第一列火车，其顶头上司刘标统也在这列车上，火车深夜开动。

按原定计划，火车应在某站停车。

不知过了多久，火车在某站呼啸而过，吴佩孚心头一惊，火车再往前走，就该到娘子关前的平地了。

吴佩孚叫醒身边的张福来，带一些士兵前去找刘标统。

刘标统本来同情革命军，与山西有秘密联系。

这次曹锟入晋，他早已通知了山西革命军前敌总指挥姚以价。

姚在娘子关上设下伏兵，单等曹锟入围。

本想夜间行车不会被人发现，偏偏让吴佩军看出了破绽。

吴佩孪推开刘标统的车厢一看，刘标统和一些人都自穿崭新的革命军军服。

对北洋军和袁世凯忠心耿耿的吴佩孚立即逮捕了他们，并马上命令火车退回井隆。

这下吴佩孚可立了大功。

曹锟和卢永祥都十分感激他，曹馄当即说：&ldo;子玉，这炮三标归你带了！

&rdo;于是吴佩孚踏着革命党人的鲜血，爬上了标统（团长）的位子。

后来革命党人与袁世凯妥协，孙中山辞去大总统职务，但要求袁世凯去南京就职。

于是袁世凯又一手导演了&ldo;北京兵变&rdo;，并在北京宣誓就任总统一职。

北京兵变中，曹锟立了大功，不但被允许在北京、河南招兵补员，而且被任命为长江上游总司令，兼第三师师长。

吴佩孚担任师部副官长，后又被保荐为第三师第六旅少将旅长，统领6000人马，成为北洋系中数得上的一员大将和猛将。

1917年6月，辫子军大帅张勋率领辫子军马、步、炮兵10个营，约5000人，开进北京上演了一幕复辟丑剧。

大总统黎元洪坚决反对复辟，于当天写了一道起用段棋瑞为国务总理的命令，责成他起兵讨逆。

段棋瑞接到命令后，于天津南的马厂成立讨逆军司令部。

段棋瑞本人就任讨逆军总司令，以段芝贵为东路讨逆军总司令、曹锟为西路讨逆军总司令，并发表讨逆檄文，发兵攻打北京。