南京陷落的3个多星期前，即新大本营设立的11月20日，裕仁向中国地区的舰队司令官长谷川清发出诏书，赞许舰队官兵与陆军合作，控制了中国的沿海，并阻断了其海上运输线。

同时他告诫说：&ldo;前途尚远，希望你们更加努力奋斗，取得完全胜利。

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4天后，在参加第一次大本营的御前会议时，裕仁对中国中部方面军司令松井大将的进攻并占领中国首都这一重大决定予以事后认可。

会议期间，陆军参谋本部的下村第一作战部长对部队的作战计划作了说明，他说因为赴中国华中的运输部队及炮兵部队距最前线尚远，所以&ldo;方面军的航空队要与海军的航空兵协力，轰炸南京及其战略要地。

&rdo;因此说裕仁对轰炸和用机关枪扫射南京及其周边地区的计划是相当清楚的，他是在此基础上批准了作战计划的。

他（事后）认可了撤销对陆军在作战范围上所有的限制，陆军和海军在没有东京事先授权的情况下对南京发动猛烈攻击期间，他没有任何表示制止他们的举动。

12月1日，在对南京的轰炸以及海上、陆地的攻击开始几天后，裕仁向松井大将发布了正式的攻击命令：&ldo;中支那方面军司令要与海军协同行动，夺下敌国首都南京。

&rdo;（大陆命第8号）

当时，与其他大多数高级将领一样，裕仁支持强有力的打击将会使蒋介石跪地求饶并使战争结束的观点，因此，他一直急切地想在&ldo;敌人的首都&rdo;进行一场决定性战役。

结果，天皇不顾松井和朝香的行为所带来的外交上的危害，公开褒奖了他们。

12月14日，南京陷落的第二天，他又向统帅部传下御旨，表达了他对攻陷并占领南京的报告的满意。

1938年2月，当松井大将暂时离任返回东京时，裕仁赐其诏书一份，表彰他伟大的军事成就。

而朝香亲王一直到1940年4月才领受了对他的嘉奖‐‐金鵄勋章。

裕仁就是如此间接地行使他的权力赦免了军队的犯罪。

尽管他可能私下里对南京发生的一切感到沮丧，但他没有公开提及过，对日本的俘虏政策也没有表示任何关注，或是为改变日本的俘虏政策做任何事情以示补偿。

日本陆海军官兵都在南京实施了暴行，陆军还炮轰了中国难民船和英国炮艇&ldo;瓢虫&rdo;和&ldo;蜜蜂&rdo;号。

与此同时，两架日本海军飞机蓄意轰炸了美国军舰&ldo;帕奈号&rdo;，此舰停泊在距离南京约40公里的长江上游，船上载有外交官和欧美的新闻记者及摄影师。

伤害之余又添侮辱，当&ldo;帕奈号&rdo;的船员和乘客放弃燃烧的舰船逃生时，乘摩托艇的日本兵登上舰船，向最后一艘奋力划向岸边的救生艇射击。

这次事件中3名美国人死亡、另外3名重伤。

关于这一事件，就在英国和美国新闻界开始报道震惊世界的南京大屠杀时，传到了西方。

这两个事件给美国的公众舆论留下了日本军队侵略成性、残忍、任意妄为的印象。

他们攻击了2个对日本在中国的行径批判最猛烈的强国的军舰。