最终，26名被告人被起诉。

曾经鼓吹过军国主义和种族狂热主义的实业家、大学的知识分子、佛教徒、法官和记者都没有在内。

4月13日，苏联代表团姗姗来迟后，曾试图将在战争经济活动中起过主导作用的3名企业家包括进去，但最后只是将梅津美治郎大将和外交官重光葵的名字加进了名单。

前外务大臣松冈洋右和前海军军令部总长永野修身在审判结束之前死亡。

另一位被告‐‐大川周明‐‐被诊断为精神失常。

由于美国在亚太地区巨大的军事和经济支配力量以及麦克阿瑟手中过度的权力，东京审判被告的选定以及后来的审判本身都给人一种严重的扭曲感。

不过首先，这种扭曲来自于所有的同盟国政府实行的国际法从属于现实政治的政策。

那些政府都将本国的国家利益放在首位，法律和道德居后。

裕仁和他的顾问们也是如此，在展开的法律戏剧的幕后偷偷摸摸地活动着。

因此，在斯大林的指示下，苏联代表团选择了跟随主导国家的做法，只有在美国主张的时候才会要求控告裕仁。

仅有的参与了法庭审判的亚洲三国代表‐‐中国、菲律宾和印度‐‐也试图尽量避免与美国政策的冲突，努力贯彻各自的调查方针。

没有哪个国家比中国遭受的日本侵略更严重；也没有哪个同盟国领袖比蒋介石更了解日本君主制与军国主义之间的密切关系。

但是蒋也认为裕仁将成为阻止共产主义传播的屏障，所以他也选择了不起诉裕仁。

尽管蒋介石自己的军事法庭在10个城市因战争罪行起诉并审判了883名日本人，但他没有将东京审判放在较高的优先考虑的位置上。

蒋与共产党的战争即将重新开始。

他需要美国的财政资助和军事援助，并希望劝说日本军事人员在投降后留下来，这样他就可以在与共产党的战争中利用他们。

蒋派遣到东京的规模很小的法律小组就反映了上述优先考虑：一名法官（梅汝璈）、一名检察官（向哲濬）外加两名秘书。

后来，蒋派了更多的人员并让他们收集了与战争犯罪有关的资料，不过这些远远不足以使中国人取得审判的主导权。

1946年夏天，检察方面进行与中国有关的立证时，对日本犯罪行为的指控调查中起主导作用的是美国检察官，中国的向检察官只起了协助作用。

另一方面，向积极地调查了有关南京暴行和日本军在中国许多城市杀害平民及解除武装的士兵的行为。

他也提出了关于强奸罪的证据，可是当时没有把这种罪行当做反人道的罪行处理。

蒋的&ldo;抗日战争公私损失调查委员会&rdo;1938年以来收集了大量关于中国战争伤亡人数的数据，可是中国国民政府决定不把这些数据交给ips调查官。

它也没有追究日本对平民强征劳工，在华北进行的&ldo;杀光、烧光、抢光&rdo;活动（三光作战）以及毒气的使用。