东瀛讲学朱之瑜定居日本时曾反复强调自己并非想倡明儒学于异域，仅是为了蹈海全节。

康熙四年（1665年），他在长崎正准备购地躬耕之际，日本国副将军（大将军德川家纲之叔父）、水户侯德川光国欲兴庠序之教（庠序，旧称，古代指地方学校），派儒臣小宅生顺到长崎礼聘朱氏为国师，要朱到江户（今东京）去讲学。

朱之瑜竭力谦让，朱之瑜日本塑像但是，当他听安东守约等人介绍&ldo;上公好贤嗜学，宜勿辜其意&rdo;之后，答应了德川光国的要求，表示&ldo;至若招仆，仆不论禄而论礼&rdo;。

翌年六月，朱之瑜抵江户。

德川光国亲执弟子礼，竭诚尽敬。

德川光国认为朱之瑜年高德重，不敢直接称名称字，要他取一名号以称呼。

朱之瑜就以故乡&ldo;舜水&rdo;为号，意为&ldo;舜水者敝邑之水名也&rdo;，以示不忘故国故土之情。

&ldo;舜水先生&rdo;之称始于此时。

德川光国欲为建新居，以&ldo;耻逆虏之末灭，痛祭祀之有阙，若丰屋而安居，非我志&rdo;四次力辞。

在德川光国影响下，日本学者、达贵也纷纷诣门求教，或执弟子礼，或听其讲学。

从此，朱之瑜往来于江户、水户两地，公开讲学。

他曾去信远在柳川的安东守约介绍讲学的盛况。

康熙九年（1670年），日本初造学宫，朱之瑜绘画图纸，度量尺寸，亲临施工现场指导，事后撰《学宫图说》。

又造古祭器簋、笾、豆、登等，率学生习释奠礼，改定仪注，详明礼节。

康熙十一年（1672年），德川光国设置彰考馆，由之瑜门生安积觉任主编，聘请之瑜指导，编纂鼓吹&ldo;尊王一统&rdo;之说的《大日本史》，其影响直至二百年后的&ldo;明治维新&rdo;。

德川光国对朱之瑜敬爱有嘉，就任藩主之际朱舜水也随同前往江户，朱之瑜与同为德川光国编撰《大日本史》的安积澹泊、木下道顺、山鹿素行结为好友，并对水户学的思想产生很大影响。

归葬异国朱舜水先生终焉之地康熙二十一年（1682年）朱之瑜因水土不服而致病，全身遍生疥疮，卧床不起。

明年四月，即顾炎武辞世三月后，朱之瑜在日本大阪逝世，享年83岁，葬在历代水户藩主的墓地瑞龙山（茨城县常陆太田市），为了纪念他不忘故国，墓特地建为明朝式样，碑文题&ldo;明徵君子朱子墓&rdo;，私谥&ldo;文恭先生&rdo;。

德川光国率诸朝士临其葬。

朱舜水死前遗言：&ldo;予不得再履汉土，一睹恢复事业。

予死矣，奔赴海外数十年，未求得一师与满虏战，亦无颜报明社稷。

自今以往，区区对皇汉之心，绝于瞑目。

见予葬地者，呼曰&lso;故明人朱之瑜墓&rso;，则幸甚。

&rdo;朱之瑜一直企望中原能有恢复的一天，为此，他滞日期间生活十分节俭，死时居然储蓄了三千馀金。

这是他企图恢复国家的经费。

其日本学者今井弘济、安觉济为他们的中国老师写下悼文：&ldo;呜呼先生，明之遗民。

避难乘槎，来止秋津。

寤寐朱之瑜日本墓葬忧国，老泪沾巾。

衡门常杜，箪瓢乐贫。

韬光晦迹，德必有邻。

天下所仰，众星拱辰。

既见既觐，真希世人。

温然其声，俨然其身。