万历皇帝接到奏报，一面对朱赓加以安慰，说这是不逞之徒无端造谣，干卿何事？一面下令特务机构东厂、锦衣卫以及保卫北京的五城巡捕衙门立即侦察肇事者。

由于&ldo;妖书&rdo;涉及太子的废立问题，唯恐太子朱常洛惊恐不安，特地召见他，安慰道：&ldo;哥儿，你莫恐，不干你事。

但去读书写字，早些关门，晏些开门。

&rdo;又说：&ldo;近有逆恶捏造妖书，离间我父子兄弟天性亲亲，动摇天下。

已有严旨，缉拿以正国法。

&rdo;；&ldo;妖书&rdo;不仅震动了内宫，而且震动了外廷。

内阁首辅沈一贯、次辅朱赓，鉴于&ldo;妖书&rdo;把他们说成是郑贵妃的帮凶，为避嫌疑，都待罪在家。

内阁中只剩下沈鲤一人主持日常工作，外间便把猜疑集中到沈鲤身上。

与沈鲤本来就有嫌隙的沈一贯，要化被动为主动，毫无根据的怀疑&ldo;妖书&rdo;出于沈鲤的门生、礼部右侍郎郭正域，指使给事中钱梦皋上疏诬陷郭正域、沈鲤与妖书有牵连，主张严查到底。

由于&ldo;妖书&rdo;宣扬的基调是&ldo;东宫之立非上意，终必易之&rdo;，使万历皇帝十分恼怒，使他很容易接受沈一贯的主张，于是授权沈一贯大肆搜索。

京营巡捕陈汝忠受沈一贯之命，逮捕了和尚达观、医生沈令誉，欲从这些人口中引出郭正域。

结果达观和尚被拷打至死，沈令誉受刑后奄奄一息，都未招供。

三法司（刑部、都察院、大理寺）的官员又把郭正域的同乡胡化抓来，要他诬陷郭正域、沈鲤，胡化拒绝招供。

在权大于法的体制下，什么奇怪的事情都可能发生。

东厂、锦衣卫和三法司会审时，竟然要沈令誉家奶妈的十岁女儿出庭作证。

司礼监太监兼提督东厂太监陈矩问那小女孩：你看到印刷妖书的印版一共有几块？小女孩根本不知此事，胡乱回答：满满一屋子。

陈矩听了大笑：妖书只有两三张纸，印版怎么可能有一屋子呢？陈矩又问另一个嫌犯：沈令誉告诉你刊印妖书是那一天？那人根本不知情，胡乱答道：十一月十六日。

参与会审的兵部尚书王世扬说：妖书于十一月初十日已经查获，怎么可能在十一月十六日才刊印呢？最高司法当局的会审，搞成了一场闹剧，对郭正域的诬陷当然难以成立。

皇太子朱常洛得知郭正域因&ldo;妖书案&rdo;被诬陷，十分焦虑不安。

郭正域曾经当过他的讲官（老师），深知其为人，多方为之鸣冤，又传话给提督东厂太监陈矩：&ldo;饶得我，即饶了郭先生吧！

&rdo;后来还是陈矩鼎力平反，郭正域才免遭陷害。

朱彝尊在《静志居诗话》中说：&ldo;（郭正域）坐妖书系狱，九死不悔，可谓骨鲠之臣。

&rdo;

&ldo;妖书案&rdo;迟迟无法侦破，东厂、锦衣卫压力与日俱增，不得不加紧搜索。

十一月二十一日，东厂缉获一名可疑男子噭生彩，据他的供词，其兄噭生光有重大嫌疑。