在西藏历史上，黄教和噶举派以前居统治地位的宗教势力是萨迦派，由于该派的喇嘛可以结婚，所以他们是靠父子或叔侄相传来延续萨迦寺的统治的。

但格鲁派（黄教）是绝对不允许其喇嘛结婚的，那么怎样才能保证教派的统治不至于落入旁门之手呢？格鲁派毅然选择了噶玛噶举黑帽系的做法，用活佛转世制度来维持他们的世系。

提出并完成格鲁派这一重大选择的人物，一位是札什伦布寺铁桑林札仓的高僧公钦群觉，另一位则是一世达赖喇嘛的亲戚比丘卓玛，这两位具有先知先党的高僧在经过周密的讨论后，决定用活佛转世来保持根敦朱巴已经获得的神权。

这就是根敦朱巴能够无穷无尽地再生转世的背景，他就象一位真正的菩萨那样，降临人世帮助和指导其信徒遵循善德、智慧和最终的解脱之道。

这也就是藏人信奉为西藏的保护神观世音菩萨的第一代转世活佛，到现在，在西藏和其他藏区已先后出现了十四代转世活佛（达赖喇嘛）。

根敦朱巴去逝后的第4年，哲蚌寺宣布，后藏地区一名小男孩是根敦朱巴的转世灵童。

这是格鲁派第一次阐明菩萨的观念，这就是《华严经》中所说的：居住于法云的菩萨，尽管只有一世的时间，但是，从他在兜率天居住以后起，就开始迁居，然后投入母胎、出生、出家、觉悟、发愿、转法轮，最后涅■。

在此期间，他思念过各种有情之事，他所做的教化众生之事，一切都被加持，因此，他同样可以在无限无数世间存在。

用现代人的话来说，就是菩萨甚至在成佛之后，仍要再次转世人间，普渡众生。

可以说这种思想给藏族人的观念带来了巨大的变革，事实上这也就为格鲁派继噶玛噶举黑帽系后建立活佛转世制度铺平了理论道路，而根敦嘉措就是这一理论的第一个产物。

从认定根敦嘉措是根敦朱巴的转世开始，达赖喇嘛成了西藏人生活中永恒不变的一部分。

被认为是二世达赖喇嘛的根敦嘉措于1475年出生在后藏的达纳。

根据史料记载，根敦嘉措在他67年的生涯中，为实现前世达赖喇嘛的梦想，将自己身心的全部智慧都奉献给了他的同胞。

有关根敦嘉措本人的藏文传记记载，在他圆寂时，就表达了要转世再生，为众生谋利的愿望。

这是再清楚不过的明示了。

过了4年，也就是1546年，哲蚌寺的僧众把一位7岁的男孩迎至寺内，并宣称这位叫索南嘉措的僧人就是根敦嘉措的转世，即根敦朱巴的第三代转世。

这位来自前藏堆隆一家小贵族的儿子，在与蒙古人的几次交往中，凭借超凡脱俗的真才实学，为格鲁派赢得了达赖喇嘛的尊号，他就是三世达赖喇嘛索南嘉措。

当时，蒙古的大权掌握在俺答汗手中，他对西藏僧侣的价值和权力十分清楚。

俺答汗象他的前任一样，也利用了这一点，为的是要向西藏境内渗透。

他盛情邀请三世达赖喇嘛索南嘉措访问蒙古。

当他还在途中艰苦跋涉的时候，这位人间活佛的英名就先于他自己提前达到了蒙古。

因为达赖喇嘛在蒙古旅行时，用各种各样的超自然奇迹，使那些酷爱萨满教巫术的蒙古人敬畏万分。