由于&ldo;金瓶掣签&rdo;的制度得到了象八世达赖喇嘛等西藏广大僧俗的拥护和支持，很快就开始在西藏和其他藏区及蒙古地区实行。

但是，从灵童转世方向的确认，到观看圣湖显影等方面，护法神仍然起着重要的作用，这是执行&ldo;金瓶掣签&rdo;制度过程中还存在的一个重要问题。

但是，不管怎么说，&ldo;金瓶掣签&rdo;制度毕竟成了藏传佛教活佛转世制度中的一个致关重要的环节，尽管西藏历史上，也有一些达赖或者班掸&ldo;转世灵童&rdo;的认定，是免予掣签的。

但免与不免的决定权，仍在清朝中央，仍在清朝皇帝，到了民国时期，也依然如此，决定权仍在中央政府。

西藏历史上，第一个被免予金瓶掣签的是九世达赖喇嘛；第一个经金瓶掣签认定的是十世达赖喇嘛。

1804年8月18日，曾亲自在大昭寺迎接金奔巴瓶的八世达赖喇嘛在布达拉宫圆寂，而他的转世灵童也将首次用金瓶来决定。

但是，七世班禅、摄政济隆呼图克图、三大寺代表、全体噶伦等领衔，请驻藏大臣玉宁写了一道奏折转呈嘉庆皇帝。

内容是邓柯灵童，确系第八世达赖喇嘛的转世，请求免予&ldo;金瓶掣签&rdo;。

驻藏大臣也向嘉庆帝奏称，经过种种核验，实系第八世达赖喇嘛复出无疑，请求&ldo;俯允所请，免其入瓶掣定&rdo;。

嘉庆帝批准了这一请求。

但是，为了不让西藏和其他藏区以此为例，事后，他又下了一道谕旨说：

&ldo;从前指称呼毕勒罕出世，率多牵强附会，或仅小著灵验，不足凭信。

仰蒙高宗纯皇帝特赏金奔巴瓶，饬令书名封贮，诵经签掣，以防弊混。

今达赖喇嘛甫逾二岁，异常聪慧，早悟前生，似此信而有证，洵为从来所未有。

设当高宗纯皇帝时，亦必立沛恩施，无须复令贮瓶签掣。

但此系仅见之事，且征验确凿，毫无疑义，嗣后自应仍照旧章，不得援以为例&rdo;。

嘉庆帝的意思很清楚，金瓶掣签是先帝所立，这个规章是不能违背的，否则各地都如法炮制，请求免予掣签，这项重大的活佛制度改革就会遇到困难。

果然，九世达赖喇嘛圆寂后，类似的情况又发生了。

1815年2月11日，年仅11岁的九世达赖喇嘛隆朵嘉措突然在布达拉宫暴亡。

嘉庆帝下令一面寻访转世灵童，一面由掌办商上事务的第穆呼图克图任摄政。

对九世达赖喇嘛的去逝，嘉庆感到非常意外和懊悔。

当时因为驻藏大臣奏称九世达赖喇嘛经过种种&ldo;徵验&rdo;，确为第八世达赖&ldo;转世&rdo;，嘉庆帝才免予掣签的，可是&ldo;如果所称徵验，俱属确实，自应长久住世，宣扬黄教，何以不能永年？可见前次玉宁所奏，多有不实，朕一时轻信，至今犹以为悔&rdo;。

由于西藏在十世达赖喇嘛转世的问题上又请&ldo;免予掣签&rdo;，嘉庆帝立刻谕示驻藏大臣玉宁、珂实克二人&ldo;不先加驳回，实属错误，均著传旨申饬&rdo;。

指示十世达赖喇嘛转世灵童的认定必须经过&ldo;金瓶掣签&rdo;的手续，才能认定。

据藏文史料记载，噶厦和三大寺的代表在今天的四川藏区找到了三个&ldo;灵童&rdo;。