校本部是军校的最高领导，它直属国民党中央执行委员会，由孙中山、蒋介石、廖仲恺组成。

校本部下设政治、教授、训练、管理、军需、军医6部。

政治部先后由戴季陶、周恩来、汪精卫、邵力子、熊雄等人为主任，聂荣臻为秘书，恽代英为教授部主任教官，胡汉民、肖楚女、张秋人、安体诚等人为政治教官；王柏龄为教授部主任，叶剑英为副主任；李济深为训练部主任，邓演达为副主任。

聘请鲍罗廷为总顾问，还聘请加仑将军等几十名苏联红军干部担任顾问或教员。

学科分步兵、炮兵、工兵、辎重兵、政治等。

学制为6个月。

1924年10月，黄埔军校创设教导团。

团、营、连均设党代表。

黄埔军校坚持军事与政治并重、理论与实践结合的教育方针。

军事教育分为军事理论和军事训练两个方面，既学习步兵操典、战术学、兵器学、射击规范等军事理论，又教以制式训练、实弹射击和野外演习等军事技术。

政治教育以革命理论为主要内容，课程有：三民主义、国民革命概论、帝国主义侵略中国史、社会主义、社会进化史、经济学等。

周恩来亲自给学生作过《军队中的政治工作》、《武力与民众》等讲演。

谭延凯、张静江、毛泽东、刘少奇、苏兆征、何香凝、鲁迅等人也应邀到该校作过专题讲座。

军校的政治工作以共产党人为主体，他们被&ot;视为学校中的革命灵魂。

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黄埔军校师生在统一广东革命根据地和北伐战争中起模范作用。

如民国13年（1924年）10月在镇压商团叛乱中，军校师生英勇出击，配合友军采用&ot;火攻&ot;，仅一天内就彻底打垮叛军。

次年初，盘踞于东江的陈炯明乘孙中山病重北上，广州国民政府群龙无首之际，悍然发兵进犯广州。

广州国民政府组织以黄埔学生军教导团两个团为主力的&ot;东征联军&ot;讨伐陈炯明。

同年6月，驻广州的桂军首领杨希闵、刘震寰乘革命军远征东江，在广州举兵叛乱，广州国民政府危急万分。

黄埔学生军奉命回师广州参加平乱，很快击溃叛军，保住了广州国民政府。

这时，被打败的陈炯明卷土重来，国民政府于同年10月举行了第二次东征。

这时，黄埔学生军已扩编为国民革命第一军。