清顺治元年（1644），清朝的太医院，最初设在北京正阳门东江米巷，也就是后来的东交民巷西口路北附近。

该院有大门三座，均向西。

用黑漆书写&ldo;太医院&rdo;三个大字的匾额悬挂于大门之上。

大门前为门役的住房。

左为&ldo;土地祠&rdo;，右为&ldo;听差处&rdo;。

太医院内有大堂五间，是主要的活动场所，大堂内悬挂着康熙皇帝御赐著名御医黄运的诗文：&ldo;神圣岂能再，调方最近情。

存诚慎药性，仁术尽平生。

&rdo;大堂左侧，有南厅三间，是御医办理公务的处所。

大厅右侧是北厅。

后面是先医庙，外门称棂星，内门称咸济，殿名景惠，南向，殿内供奉着伏羲、神农、黄帝的塑像，有康熙御书&ldo;永济群生&rdo;匾额。

先医庙外北向为药王庙，庙里有铜人像。

连接大堂的过厅是二堂，后面还有三堂五间。

光绪二十七年（1901），依照丧权辱国的《辛丑条约》第七款，将东交民巷划为各国驻中国的使馆区，使馆区范围内的中国衙署都必须按时搬走。

太医院只得暂借东安门大街御医白文寿的宅子应差。

不久，又暂移至北池子大悲观音院。

光绪二十八年，才于地安门外皇城根、兵仗局东建立新的办公衙署，其建筑规模较之从前要简陋许多，现在遗址尚存，但已是面目全非，昔日衙门形式，难以再现。

太医院在紫禁城内东墙下、上驷院之北，设有待诊、休息的处所，旧称&ldo;他坦&rdo;，岁月流失，现也倾毁无存。

太医院为五品衙门。

医务人员都有相应的职位，堂官称为院使，相当于院长，为五品官，副职称为左院判，官居六品，所属官员有御医，官居八品。

雍正七年（1729）规定：御医均受正七品，许用六品冠带。

还有吏目、医士、医生等，这些人员享受从九品的待遇，一般通称御医（又称太医），各医官的品级，历朝稍有变动。

历朝御医人数，略有增减。

以光绪朝为例：有御医十三人，吏目二十六人，医士二十人，医生三十人。

这些御医全部是汉人。

太医院的御医，来自全国各地，从各省民间医生以及举人、贡生等有职衔的人中，挑选精通医理，情愿为宫中效力的人，量材录用。

如在康熙年间，同仁堂的创始人乐显扬就曾担任太医院吏目一职。

此外，太医院还设有教习厅，培养医务人材，由御医、吏目充当教习。

学习的内容有《类经注释》、《本草纲目》、《伤寒内经》、《脉诀》等专业知识，经过六年寒暑通过考试合格，才能录用为医士或医生。