拿破仑在维也纳和罗堡岛两地间来回奔波着，他一面重新部署军队和制定以后的作战计划，一面仔细阅读着从他庞大帝国的各个地方送来的报告。

他获悉教皇庇护七世和红衣主教都在宣传埃斯林一战是上帝对世界压迫者、暴君、迫害教会者的惩罚时，怒火中烧，他牢牢地记住了教皇的一切行为。

6月中旬，法军得到了休息和增援，在罗堡岛、维也纳附近已集结了17万人的兵力和584门大炮，拿破仑决定发动攻势。

但在决战前，拿破仑觉得有必要解决一下教皇的问题。

他宣布罗马城和教皇领地完全并入法兰西帝国。

于是，罗马被法军占领，教皇掌握了将近1500年的所有一切全失去了，教皇本人也被解往法国南部的萨沃纳监禁起来。

制服了教皇之后，拿破仑立即着手进行最后的军事准备工作。

此时的查理大公也在整顿部队，调集兵力，准备等法军再次渡河时转取攻势。

查理大公精心选择了防御阵地。

奥军左翼从瓦格拉姆向东南延伸，在大约7公里的地段上部署了三个军和大部分骑兵。

奥军右翼也以瓦格拉姆为，沿高地向西南延伸，一直伸到多瑙河岸边，其正面约13公里，部署了4个军。

同时，查理大公还派出了部分兵力前进到阿斯佩恩地区，占领前哨阵地。

查理大公之所以如此部署，其目的是想依托高地与河流，构成一个形同聚能罩的弧形防线，等待法国主动来攻。

一旦法军落入他的弧形防线，他就可以挥动大军，从两翼向法军侧后出击，将敌军歼灭。

可是，如此部署产生了一个致命弱点，那就是平分了兵力，留不出可供急用的预备队。

为了弥补这一缺陷，查理大公急令其弟弟约翰大公尽快赶到战场参加战斗。

当时，约翰大公率领15000人驻守在维也纳以东的布拉迪斯拉发，离战场约有三天的行程。

这时，查理大公还有一个判断错误，即认为法军仍像上次那样，从罗堡岛上北渡多瑙河，因此，他把奥军的主要防御方向仍定在阿斯佩恩。

然而，久经战阵的拿破仑是不会按查理大公的设想去采取行动的。

这位欧洲杰出的统帅在作战中早已形成了一条坚定不移的原则，即决不做敌人可能料到的事情。

为了使10万大军秘密而迅速地渡过河去，并且在敌人预料不到的地点打击敌人，拿破仑与马塞纳元帅换上士兵服装，沿着罗堡岛进行仔细的勘察。

他们亲自查看了多瑙河的河床、流速、沿岸地形，以及敌人部署等情况，为选择渡河地点费尽了心机。

最后，拿破仑决定将渡河地点选在下游，即离上次渡河点约4公里的地方。

拿破仑提出了新的计划：以一部分兵力在阿斯佩恩和埃斯林正面进行佯攻，把奥军主力吸引到这个方向，而以主力在新选的渡口渡河。

6月30日黄昏，拿破仑下令马塞纳的一个师在阿斯佩恩正面的浮桥旧址开始渡河，进行佯攻，佯攻行动进展顺利，法军几乎没遇到抵抗就渡过了多瑙河。

随后，大张声势地在此地架设浮桥，开辟渡口。