4年后，一切都发生了变化。

一份简洁得像谜一样的遗嘱附录，撤销了早先说好留给爱丽斯的那份遗产：“我在原来的遗嘱中曾允诺、同意、证实或指派给我妻子的所有一切，现在皆因公正与更大的事业，全部撤消，宣布无效。

仅将她以妻子权利所应当得到的给予保留。”

英国法律要求必须给遗孀留下一定数额的财物。

弗朗西斯照此办理，除此之外，什么都没有给爱丽斯。

那么，所谓“公正与更大的事业”

究竟是什么呢？是不是弗朗西斯发现了自己的妻子做了什么见不得人的勾当？

弗朗西斯去世前的第11天时，爱丽斯与他们家的门房绅士结婚了。

1626年4月初的一天，也就是弗朗西斯修改了自己遗嘱的第二年，一个春意盎然的日子，空气潮湿而凉爽，地上还有未化的积雪，弗朗西斯在一个叫威特伯恩的苏格兰医生的陪护下，从伦敦出来，搭乘一辆四轮马车，朝市郊走去，那里有更好的空气。

突然，奥伯雷在《短暂一生》中这样写道，“弗朗西斯的脑子里有什么念头一闪，肉能不能像在盐中储藏那样，储藏于雪中也不坏呢？”

冲动之下，培根叫马车老板在一家农舍门前停下来。

他下车敲门，然后跟屋里的人说，他想买只小鸡。

屋里的女主人当场给他宰了只鸡，培根于是弄来一些雪，给鸡裹上，他要进行冷冻实验。

突然，一股冷冷的感觉攫住了他，他一下子病倒了，不能往家赶路了。

他让车老板把他送到附近，他的朋友阿伦戴尔伯爵家中。

这时的阿伦戴尔正因为安排自己的儿子秘密地娶了一位王室里的姑娘，在塔楼里遭囚禁。

培根知道阿伦戴尔不在家。

阿伦戴尔的忠实管家迎接了这位不速之客，马上准备床铺让他休息。

然而，这床已经快有一年没人睡了，很潮湿。

由于身体着了凉，加上床榻又潮又冷，结果，弗朗西斯感冒了，并发起高烧。

他很快就离开了人世。

那天是1626年4月9日，正是复活节的早晨。

至于那位随同前往的苏格兰医生，也从此杳无音信。

躺在潮湿的床上，弗朗西斯给没有在家的男主人写了封信：“把威苏威火山灰拿来实验的老凯尔斯·普利牛斯因为科学实验而丢了性命，我可能很幸运地与他一样，在做冷冻实验时，丢掉自己的老命。”

在培根的遗嘱中，他要求把自己葬在离圣奥尔本斯不远的圣迈克教堂里。

他有自己的理由：“我母亲就埋在那里，……那里也是惟一的基督教堂。”

弗朗西斯要求把他葬在安妮·培根夫人所在的教堂里，她是惟一没有离弃他的人。

但没有人找到过他的棺柩。

20世纪初，当时的维鲁拉姆伯爵跟声望显赫的培根研究专家亨利·波特夫人说，他借自己父亲也准备掩埋在那个教堂的当儿，把理应掩埋弗朗西斯的地方细细地检查了一番，仍然没有找到弗朗西斯·培根的棺柩。

过去有人说，弗朗西斯是被埋在他忠实的秘书托马斯·默迪给他立的雕像下面。

但很奇怪，那个雕像上的原始文字都被清除掉了。

传记作家富勒女士指出，雕像上刻的字是“坐在此处”