马耳他岛位于通往埃及的途中，也是一块令人眼馋的肥肉。

它控制西西里海峡，具有重要的战略意义，当时为耶路撒冷的圣约翰骑士团所把持。

圣约翰骑士团是中世纪骑士制度和十字军东征残存下来的骑士团的后裔。

这帮人养尊处优，无所用心。

俄国和奥地利当时都想染指该岛。

因此，防止该岛落入俄奥之手，正是法国利害之所在，况且瓦莱塔港还可以构成一个优良的基地以对付英国舰队。

所以，督政官们立即批准了夺取马耳他和埃及的计划。

另一方面，为这位野心勃勃的青年将军找到了一个好差使，他们也许非常高兴，他们希望他远离巴黎，在外呆得越久越好。

东方军团的组建工作进展很快，拿破仑有权任意挑选军官和部队。

贝尔蒂埃自然又成了他的参谋长，其参谋班子由他的弟弟路易，他的继子欧仁&iddot;博阿尔内，上校马尔蒙、缪拉和朱诺，中校迪罗克和上尉拉瓦莱特组成。

贝西埃尔上校指挥司令官的私人卫队。

5月9日，拿破仑由巴黎到达土伦，检查三万七千官兵登船的最后准备工作。

在登船前夕，他向部队发表了动人心弦的演说，答应在他们回国时每人分给六英亩土地。

这支远征队最显著的特征也许是它含有一支由167位科学、技术和文化专家所组成的考察团。

他们是去调查研究埃及的自然资源和古代文物的。

他们之中有博物学家、物理学家、化学家、地图测绘人员、工程师、考古学家和艺术家。

在征集这支队伍时，拿破仑得到了他的科学顾问和朋友蒙日（1746-1818）的大力协助。

他们之间的关系类似第二次世界大战期间，彻韦尔勋爵与丘吉尔首相之间的关系。

拿破仑在科学和文史方面均有广泛的兴趣，他还是一名出色的数学家。

诚如后来所证明的，这次远征在考古和科学方面所取得的成果比其军事价值要伟大得多。

5月19日，这支大船队从土伦启航，它由三百余艘运输船组成，装载了二万五千名步兵、三千名骑兵、三千名炮兵和工兵。

布律埃斯中将（1753-1798）指挥的十三艘大型战舰和六艘快速帆船负责护航。

拿破仑乘坐的是布律埃斯的旗舰&ldo;东方号&rdo;。

航行途中，来自科西嘉、热那亚和契维塔韦基亚等地的船队也先后加入进来。

这次远征的保密工作做得很好，仅有少数几位高级军官知道他们正驶往埃及。

官方直到最后一刻还称他们是英吉利军团的左翼。

有关其航行的消息，两周后才传到英国，而且即便在那时，皮特首相还以为法军要在爱尔兰登陆。

侥幸的是皇家海军倒非常警惕。

圣文森特勋爵的地中海舰队当时正封锁着西班牙港口加的斯，因为那里停泊着一个西班牙海军中队。

5月2日，他派纳尔逊海军中将进入地中海去摸索并击毁法国的船队。