从表面上来看，亚拉冈和卡斯提尔两个王国仍是各自独立，两国的大多行政机构也仍然各自保持独立。

但是实际上裴迪南和伊莎贝拉所有的决策都是俩人共同制定的，夫妻俩皆尽全力，默契配合，共当西班牙君主。

在他俩共同统治的二十五年中，其基本政策是要创建一个统一的西班牙王国，这个王国由一个强大的君主政体统治。

他俩的首要目标之一是征服格拉那达──伊伯利亚半岛上仍受伊斯兰教统治的唯一地区。

征服战于1481年开始，到1492年2月结束，裴迪南和伊莎贝拉取得了彻底胜利。

征服了格拉那达，西班牙占据的领土就几乎和它今日的领土一样多。

纳瓦尔小王国在伊莎贝拉死后，于1521年被裴迪南吞并。

裴迪南和伊莎贝拉在其统治初期创建了西班牙宗教法庭。

该法庭融法官、陪审团、起诉律师和警方调查人的权力为一体，以其刑罚手段凶暴残忍和审理程序粗糙不平而臭名远扬。

嫌疑犯很少有机会或者根本没有机会反驳对自己的控告。

他们无法知道控告自己的全部证据，甚至连原告人的名字也无法知道。

嫌疑犯若否认对自己的指控常常要遭到酷刑拷打，直到承认为止。

根据一项保守的估计，至少有两千人被烧死在火柱刑上，受到刑罚比这轻的人数要比这个数目多许多倍。

西班牙宗教法庭的头目是一个极端狂热的僧侣托马斯&iddot;汤戈马达，他是伊莎贝拉的私人仟悔神父。

宗教法庭虽然得到了教皇的认可，但是实际上是在西班牙国王的控制之下，宗教法庭一是用来建立宗教统一，二是用来镇压国王的政敌。

在英国，封建领主总是保持足够的势力以限制国王的权力。

西班牙的封建主也曾经有权有势；但是西班牙国王现在可以利用宗教法庭为武器来镇压公然反抗的封建主，由此来建立一个中央集权的专制君主国，也可以利用它来进一步控制西班牙牧师。

但是宗教法庭的主要对象是在宗教上有离经叛道行径的嫌疑分子，特别是一些犹太教徒和伊斯兰教徒，他们名义上已经改信天主教，但在暗地里却在继续奉行自己先前的宗教。

起初宗教法庭并没有把矛头指向那些把自己的信仰公开出来的犹太教徒，但是1492年在狂热的汤戈马达的极力主张下，裴迪南和伊莎贝拉签署了一项布告，命令所有西班牙的犹太教徒如果不改信基督教，就在四个月内离开西班牙，并且不允许携带财产出境。

这道驱逐令对大约二十万犹太教徒是一个大灾难，许多人未来得及找到一个安全的避难之所便横遭杀身之祸。

西班牙国中很大一部分最勤劳、最精明的商人和手艺人流离失所，因此西班牙在经济上遭受了一次严重的打击。

当拉格纳达投降时，双方签订的和平协议规定居住在西班牙的伊斯兰教徒可以继续奉行自己的宗教。

但是在事实上，西班牙政府不久便践踏了这项协议。

因此摩尔人奋起反抗，但却遭致失败。