尽管叶性温口讷，但骨子里流淌的却是自由知识分子的血性，面对强权与一群随着政治风潮上下左右地扑腾的见风转舵者，他毫不客气地给予批评与嘲讽。

1949年1月19日，中共北平军管会文化接管委员会代表钱俊瑞、张宗麟，在零星的枪炮声中率部赴清华园正式接管这所大学。

对于这一历史性场面，叶企孙浮想联翩，曾对他的一位知近友生说：&ldo;国民党在1927年，也有一些如张道藩那样的人，和今天的钱俊瑞这些人一样，朝气蓬勃，也像年青有为的样子，但后来变坏了……&rdo;叶所说的&ldo;变坏&rdo;，是一种隐喻，暗含了对未来政治制度及其附庸者的担忧。

也就在这一年，清华一些学生被迫作自我检查，以消除家庭对自己的影响。

叶企孙对此颇为不满，说道：&ldo;共产党的自我检查，很有点像基督教、天主教的忏悔，如果让清华的教授也这样做，可能有好些人会自杀。

&rdo;叶的言论，不幸在几年后竟成谶语。

当江山易主、政权更替后，政治就更不是叶企孙这位&ldo;不谙新事理、新逻辑&rdo;的人所能玩得了的了，他被人稀里糊涂地扶上墙，不知道看风视水、左右逢源之术，悲剧性的命运也由此开始。

随着1951年秋展开的&ldo;思想改造&rdo;运动与&ldo;胡适思想批判&rdo;运动，作为清华大学一把手的叶企孙，表现令当局&ldo;大为失望&rdo;。

到了这个时候，他不但不按当局的意图改造自己的思想和大骂胡适、傅斯年等&ldo;反动文人&rdo;，却还在不知趣地倡导&ldo;高校教学与科研要自由、民主&rdo;等与时兴的&ldo;阶级斗争&rdo;、&ldo;集体主义&rdo;等政治口号相对立的思想。

同时他还更加不知轻重地提倡&ldo;凡事都要独立思考&rdo;一番，并谓对学术如此，对政治问题也是如此等等。

对当时爆发的朝鲜战争，叶认为这是&ldo;美国的一种战略考虑，是针对苏联极权主义阴谋&rdo;的战争，并且断言&ldo;战争永不会消除，帝国主义消灭后，共产党内部又要打了，南斯拉夫就是一例&rdo;。

又说：&ldo;共产党的报纸太刻薄，如&39;美国娼妓&39;等这些用词是不应该写的。

&rdo;与此同时，他针对正在积极向中共靠拢的冯友兰发表的《美国法西斯化》一文提出批评，谓&ldo;写得太过分了&rdo;云云。

重返清华（3）

叶企孙的言论和表现终于激怒了当局，上级&ldo;组织部门&rdo;开始发动清华师生对其展开&ldo;狂风暴雨式的批评&rdo;。

叶一看势头不对，略有省悟，被迫在大会上作&ldo;深刻检讨&rdo;。

此时，已在思想运动和&ldo;精神洗澡&rdo;中获得&ldo;新生&rdo;的清华&ldo;进步&rdo;师生们，以&ldo;深厚的无产阶级感情&rdo;，纷纷指责叶是&ldo;以资产阶级观点办清华，是继承梅贻琦的传统和遗毒&rdo;，没有几个回合，叶企孙像一只过街老鼠，在一片喊打声中被赶下台来。

此刻，由于学习苏联的教育模式，教育部决定对全国高校进行大规模调整，同时由教育部聘请的苏联专家陆续到校当起了&ldo;太上校长&rdo;。

1952年6月27日，&ldo;京津高等学校院系调整清华大学筹备委员会&rdo;成立，当局决定刘仙洲任主任委员，钱伟长、陈士骅任副主任委员。

原出身机械科的清华工学院教授刘仙洲荣登大位后，立即勒令叶企孙&ldo;应向教育部自请处分&rdo;。

已经倒台的叶企孙在三番五次检讨之后，最后由&ldo;组织&rdo;出面作了结论性的调子：&ldo;他现在已在清华失去了威信。

故拟不再采取群众大会方式对之进行批评，打算找一些人帮助他一下，如没有什么变化，就拖着尾巴过关，以后再耐心地在长期中给以教育……&rdo;这个结论，实际上是一个暗含杀机的隐语，即以后再慢慢收拾他。

自此，叶企孙踏上了一条危机四伏、命悬一线的夜行之旅。

1952年10月，院校调整基本完成。

根据教育部指令，天津南开大学由私立改为国立，隶属教育部直属院校。

由美帝国主义归还庚款起家的清华大学，自然属于重点调整与&ldo;清算&rdo;的对象。

为减少美帝国主义在清华留下的印痕与毒素，其属下文学院、法学院、理学院等三个学院全部从清华革掉，并入北大，清华得到的只是北大一个小小的工学院。