一种观点认为，传教士的钱财是通过巫术也就是炼金术获得的。

利玛窦是明朝在华传教士中名气最大的人，南昌是他成名的地方，他得到了分封在南昌的建安王、乐安王的赏识，并且与当地高层官员来往密切，成为众人眼中的奇人。

在利玛窦寄自南昌的信中，他分析了自己获得名气的原因：第一，尽管他是从如此遥远地方来的异国人，却能正确地说、写汉语；第二，他具有惊人的记忆力并谙记四书五经；第三，他在数学领域的知识；第四，他随身携带的珍奇物品如自鸣钟、三棱镜等；第五，大家相信他是一个炼金术士；最后是他布讲的教义。

其中，之所以被认为是炼金术士，正是由于人们对传教士资金来源不明的猜想。

事实上，由于传教士非常注意不让人们知道他们的财务来源，因此很早便引起人们对他们金钱来源的关注，认为传教士擅长炼金术便是最常见的解释。

在当时社会上，有关传教士擅长炼金术的说法十分普及，这甚至成为一些人接近传教士的直接动因，例如利玛窦刚到中国不久，便有一个叫瞿太素的人跟随利玛窦学习了二年，而他所想学的正是炼金术。

民间传言用死者头上取下的眼睛就可以看到传教士炼金的秘密，也有人将传教士搜集新生弃儿以便在他们死前为其洗礼，解释为传教士用新生儿的眼睛从事炼金术。

另一种观点认为传教士的经费是外国商人所提供。

万历三十九年（公元1611年），传教士王丰肃在南京建了一座新教堂，由于太过张扬，引起保守士大夫的不满。

万历四十四年，笃信佛教的南京礼部侍郎沈傕（音jue）连上三道奏疏，抨击传教士，掀起南京教案。

在南京教案中，传教士经费问题成为追究的重点。

在对王丰肃及部分信徒的审讯中，得知传教士的开支除修筑教堂及日常费用外，还有买人雇人的费用，教会还给每个信教者三两白银。

当时民间还传言传教士为鼓励信徒传教，还根据成绩给予奖励，&ldo;能劝百人从者，赏自鸣钟、自鸣琴各一。

若得青衿准十人，得一缙绅准百人&rdo;。

虽然这些是审讯所得或民间流言，但其可信度还是很高的，天主教支付金钱以吸收人入教在其传教史上是屡见不鲜的。

如此巨大的资金是从何而来的呢？在第一次审讯中，王丰肃声称所有钱粮是由西洋国商船带到广东，每年约六百两，如要盖房就增至千两。

在第二次审讯中，王丰肃进一步明确了从西洋国送到澳门，再由澳门商人转送传教士的运送线路。

第三种观点认为传教士经费来自外国教徒的捐赠。

提出这一观点的是徐光启。

徐光启是明末天主教徒中最重要的人物，他提出这一观点的目的是为传教士辩护。

尽管洋商提供与信徒捐赠都是来自国外，但却有很大的差异。

在当时反教的士大夫看来，传教士在中国的活动是有险恶用心的，具体来说就是要与澳门的洋商里应外合，威胁中国内地。