米利根的律师麦克唐纳小有名气，因为业务关系，十几年前与当时做律师的林肯有一面之交。

在无奈之中，麦克唐纳跑到华盛顿，愣是在一个大清早设法见到了林肯总统，而林肯居然还记得他。

寒暄之后，麦克唐纳便单刀直入，切入正题，说明来意，请求林肯刀下留人。

林肯尽管支持哈维将军军法处的判决，但暗示麦克唐纳他已于一年前（1863年12月）宣布大赦，如果战争能够在对米利根的绞刑未执行前结束的话，米利根可据此减刑。

不久，1865年4月4日林肯遇刺身亡，由副总统约翰逊继任。

出于对叛乱和阴谋分子的愤怒，约翰逊在5月2日批准对米利根的死刑决定，军方据此把米利根的刑期定在5月19日。

这意味着除非内战能在此之前结束，否则米利根的小命难保。

当刑期临近、律师一筹莫展之际，一个联邦巡回法院5月份正好在印第安那开庭，麦克唐纳遂在10日请求巡回法院给米利根以人身保护令状，向军法处要求提审米利根。

两位法官讨论数日也拿不定主意，只好移交给最高法院。

军方原以为案子已经了结，没想到又要闹到最高法院，于是同意暂时推迟米利根的刑期。

5月26日内战正式结束，比米利根原定的刑期晚了正好一周。

这样，米利根至少可以免于一死。

在听候最高法院的裁定期间，约翰逊总统对米利根作出无期徒刑的减刑决定，米利根也转送到联邦地方法院服刑。

三、战争结束米利根平反昭雪虽然米利根已免于一死，但麦克唐纳仍不满足，因为他现在的目标是使米利根无罪释放。

为准备1866年3月最高法院对米利根案的开庭，他召集了另外两位律师：一位是年轻的律师、未来的美国总统詹姆斯。

加菲尔德（jasgarfield），他初出茅庐，第一次上最高法院打官司，劲头十足；另一位是著名老律师布莱克（jereiahblack）。

三人铆足了劲，决心把这一涉及宪法基本权利的案子反过来。

他们的辩护战略不是争论米利根是否有罪，而把重点放在程序上：军方是否有权在非作战地区停止人身保护权、逮捕平民并加以军法审判。

在1866年3月6日的法院辩论中，布莱克首先上场，他发自内心的声音令听众肃然起敬。

他指出，即使米利根是个十恶不赦的罪犯，他的人身自由仍是神圣不可侵犯的，拥有一个公民应有的公平审判的宪法权利。

军方决不能独立于甚至高于民政当局，他们逮捕平民时应依法将被捕的平民名单交给普通法院，以便由法院组织大陪审团进行公开和公平的审判，而军方对米利根案的处理显然违反了这一规定，没有对米利根进行公平的审讯。

代表政府方面出庭的是司法部长及其助手，他们一再强调战时的特殊性。